A Kis-Balaton név hallatán a legtöbb magyar embernek Fekete István ikonikus ifjúsági regénye, a Tüskevár jut eszébe a tengernyi nádassal, a vízi madarak sokaságával, Matula bácsival, Bütyökkel és Tutajossal. A mintegy 146,6 km²-es vizes élőhely Európa egyik legjelentősebb madárparadicsoma, ahol több mint 240 védett madárfaj él, köztük Közép-Európa legnagyobb Nagy kócsag-telepe.

A természetvédelem bölcsője is ide köthető, ami 1921-re nyúlik vissza, Vönöczky Schenk Jakab, a Magyar Madártani Intézet ornitológusának erőfeszítései eredményeképpen a násztollai miatt vadászott és ezért kipusztulóban lévő Nagy kócsag védelmére alkalmazták Gulyás József vörsi halászmestert, aki így az első fizetett természetvédelmi őr volt. Az azóta eltelt több mint száz év alatt a Kis-Balaton területe nagy változásokon ment keresztül. A Sió-zsilip megépítése következtében a terület egy része fokozatosan kiszáradásnak indult, az 1920-as évek második felétől pedig a lecsapolt területeket elsősorban mezőgazdaságilag hasznosították.

Az 1970-es években merült fel először egy átfogó vízvédelmi rendszer kialakítás a Balaton vízminőségének megóvása érdekében. A Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer két fő ütemben valósult meg, 1981-2014 között. Az első ütem célja az volt, hogy a Zala folyó vizét egy mesterséges tározórendszeren keresztül vezessék a Balatonba, és eközben a lebegőanyagat, a tápanyagokat, különösen a foszfort kiszűrhessék. A víz az I. ütemet a Zala-folyó medrében a 4T zsilipen keresztül hagyta el, és megérkezett a II. ütem, az ún. Fenéki-tó területére. A második ütem az ökológiai-, vízminőségi- és vízmennyiségi állapotokhoz igazítható, többirányú vízkormányzás kialakításával foglalkozott. A rendszer úgy lett kialakítva, hogy a víz a mesterséges és természetes vizes élőhelyeken áthaladva megtisztuljon, mire eléri a Balatont.

A Kis-Balaton Vízvédelmi Rendszer üzemeltetését a Nyugat-Dunántúli Vízügyi Igazgatóság és a Balaton-felvidéki Nemzeti Park Igazgatóság közösen végzi. A térségben uniós támogatások segítségével átfogó természetvédelmi fejlesztések valósultak meg, amelyek jelentősen javították az élőhelyek állapotát és a természetvédelmi feltételeket. A zalavári belvízöblözetben korszerűsítették a vízgazdálkodási infrastruktúrát, új zsilipeket építettek, valamint nagy teljesítményű belvízszivattyúkat telepítettek a vízszintek szabályozására, ami segíti a vízjárás biztonságosabb kezelését és a természetes élőhelyek fenntartását. A zalavári területen mintegy száz magyar bivaly legeltetésével támogatják a hagyományos területkezelést, továbbá létrejött a Kis-Balaton Látogatóközpont interaktív kiállításokkal és tanösvényekkel, valamint megújult a Diás-szigeti Fekete István emlékhely, így komplex módon nőtt a terület természeti és kulturális értékeinek megőrzése és bemutatása.